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CHORI-211: Zebrafish Tue (Tuebingen) strain (Danio rerio) BAC Library
CHORI-211 Tue株斑馬魚Danio rerio BAC庫是由Chung Li Shu和Kazutoyo Osoegawa博士在奧克蘭兒童醫院研究所BACPAC資源的Pieter De Jong實驗室中構建的。Gerd-Joerg Rauch博士從6名男性的睪丸中分離出基因組DNA，并用EcoRI和EcoRI甲基化酶的組合進行了部分消化。選擇大小的DNA被克隆到EcoRI位點之間的pTARBAC2.1載體中。將連接產物轉化入DH10B電感受態細胞（BRL LIFE TECHNOLOGIES）。該文庫已被排列到384孔微量滴定皿中，并被網格劃分為六個22x22cm尼龍高密度過濾器通過探針雜交進行篩選。每個雜交膜代表超過18,000個不同的斑馬魚BAC克隆，一式兩份。圖書館建設得到了分包合同的支持，該分包來自Max-Planck-Institut fuer Entwicklungsbiologie的Robert Geisler博士。他的BAC庫中的克隆已用作英國Sanger研究所基于克隆的測序項目以及德國Max Planx研究所的克隆指紋設計項目的一部分。可以使用“內部” Sanger命名法或“外部” NCBI推薦的命名法在各種公共數據庫中找到這些克隆。例如，CH211-15B7（NCBI命名法）對應于在第15行和第7列的相交處的微量滴定皿（384孔型）＃15中發現的克隆。“內部” Sanger命名法中的同一克隆標記為：“ zC15B7”。從BACPAC資源中心（BPRC，@CHORI）訂購克隆時，
bacpacresources CHORI-211說明書
Provisional data for CHORI-211 Zebrafish Tue strain Dani rerio BAC Library:
Segment | 1 | 2 | All |
Vector | pTARBAC2.1 | pTARBAC2.1 | pTARBAC2.1 |
Restriction Enzyme | EcoRI/EcoRI Methylase | EcoRI/EcoRI Methylase | EcoRI/EcoRI Methylase |
DNA Source | sperm | sperm | sperm |
Plate Numbers | 1-144 | 145-288 | 1-288 |
Plate Count | 144 | 144 | 288 |
Empty Wells | 1314 (2.38%) | 1278 (2.31%) | 2592 (2.34%) |
Non-Recombinant Clones | 0 (0%) | 41 (0.08%) | 41 (0.04%) |
Non-Insert Clones | Approx. 648 (1.2%) | Approx. 1404 (2.6%) | Approx. 4104 (3.8%) |
Recombinant Clones | 53334 | 52573 | 103855 |
Average Insert Size | 171 Kbp | 160 Kbp | 165.7 Kbp |
Genomic Coverage | 5.4X | 5X | 10.4X |
組的。
CHORI-211克隆插入片段大小分布的數據已通過脈沖場凝膠電泳確定。克隆大小分布已以
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